John Scott erhielt seine erste musikalische Ausbildung als Chorknabe in der Wakefield Cathedral und diplomierte mit großem Erfolg schon im Royal College of Organists, während er noch zur Schule ging. 1974 wurde er Organ Scholar am St. John’s College, Cambridge, wo er als Assistent von Dr. George Guest fungierte. Danach studierte er Orgel bei Jonathan Bielby, Ralph Downes und Dame Gillian Weir. Er debütierte mit Reubkes Sonate über den 94. Psalm 1977 bei den London Proms in der Royal Albert Hall, wo er der jüngste Organist war, der in diesem Rahmen jemals spielte. Als er Cambridge verließ, wurde er zum Assistant Organist der St. Paul’s- und Southwark-Kathedralen ernannt und gewann erste Preise im Manchester International Organ Competition (1978) und im Leipziger J. S. Bach- Orgelwettbewerb (1984). 1985 wurde er Sub-Organist der St. Paul’s Cathedral London und 1990 ebenda der Nachfolger von Dr. Christopher Dearnley als Organist und Director of Music. Weitere Engagements waren u.a. Konzerte in der Symphony Hall/Birmingham, Notre Dame/Paris, im Aarhus Organ Festival, im Kölner Dom, der Walt Disney Hall/Los Angeles, der Royal Albert Hall/London und dem Leipziger Gewandhaus.

Im Sommer 2004, nach 26 Jahren Tätigkeit an der St. Paul’s Cathedral, übernahm er den Posten als Organist und Director of Music an der St. Thomas Church, Fifth Avenue, New York, wo er den bekannten Männer- und Knabenchor leitet. Als persönliches Geschenk Ihrer Majestät Queen Elisabeth II. erhielt er die Auszeichnung LVO (Lieutenant of the Royal Victorian Order) in der New Years Honours List des Jahres 2004.