Franz Hauk wurde 1955 in Neuburg an der Donau geboren. Er studierte nach dem Abitur die Fächer Kirchen- und Schulmusik sowie Klavier und Orgel an den Musikhochschulen in München und Salzburg. Zu seinen Lehrern zählen Aldo Schoen, Gerhard Weinberger, Franz Lehrndorfer und Edgar Krapp. 1981 erhielt er das Meisterklassendiplom der Musikhochschule München. Mehrere Auszeichnungen folgten.

Seit 1982 ist er als Organist, seit 1995 auch als Chorleiter am Ingolstädter Münster tätig. Schwerpunkte seines Repertoires liegen bei den Werken Johann Sebastian Bachs, Max Regers und bei der französischen Orgelmusik des 19. und 20. Jahrhunderts. Mit Vorliebe setzt sich Franz Hauk auch für die zeitgenössische Musik ein und regt immer wieder Kompositionsaufträge an.

Er begründete in Ingolstadt zahlreiche Konzertreihen, wie beispielsweise die „Internationalen Ingolstädter Orgeltage“, die „Orgelmatinee um Zwölf“ in der Asamkirche Maria de Victoria oder die alljährlichen Musiknächte im Theater.

1988 promovierte er im Fach Musikwissenschaft mit einer Arbeit über die Münchener Kirchenmusik zu Beginn des 19. Jahrhunderts. Als Autor befaßt er sich vor allem mit Fragen der Quellenforschung und der Aufführungspraxis. Er ist Vorstandsmitglied der Internationalen Simon-Mayr-Gesellschaft und Mitglied des Editorial Boards einer bei Ricordi erscheinenden Mayr-Werkausgabe.

Franz Hauk wirkt als Juror bei Musikwettbewerben und leitet Meisterklassen bei internationalen Musikfestivals, beispielsweise beim Internationalen Orgelfestival „Megaron“ in Athen zusammen mit Jane Parker-Smith, Daniel Roth und Johannes Geffert. Franz Hauk spielte viele Rundfunk- und CD-Aufnahmen und konzertiert in ganz Europa und den USA. Auch die Tätigkeit als Dirigent nimmt mittlerweile einen breiten Raum seiner künstlerischen Arbeit ein. Im Jahre 2003 gründete er den Simon-Mayr-Chor, ein Vokalensemble mit professionellem Anspruch.

Seit Oktober 2002 lehrt er im Bereich Historische Aufführungspraxis an der Staatlichen Hochschule für Musik und Theater in München.