Philippe Lefebvre entdeckt die Orgel im Alter von 15 Jahren bei einem Besuch auf der Orgelbühne von Notre-Dame in Paris, wo er den berühmten Organisten Pierre Cochereau kennen lernt. Nach einer ersten Ausbildung am Conservatoire von Lille studiert er am Conservatoire National Supérieur de Musique in Paris, wo er Erste Preise in den Fächern Orgel, Improvisation, Fuge und Kontrapunkt erringt. Im Alter von 19 Jahren wird er zum Organisten der Kathedrale in Arras ernannt, einige Jahre später wird ihm der Prix der Hochbegabtenstiftung Fondation de la Vocation und 1971 der Erste Preis für Improvisation beim Internationalen Wettbewerb von Lyon zugesprochen. 1973 gewinnt er den Grand Prix d’improvisation beim Internationalen Orgelwettbewerb von Chartres und wird im Anschluss Titularorganist an eben jener berühmten Kathedrale. Seitdem wird er weltweit bei großen Festivals als Kozertorganist für Solokonzerte und Orchesterkonzerte engagiert. Regelmäßig gibt er in ganz Europa, in den USA, in Japan und Russland Konzerte und Meisterkurse und spielt zahlreiche Schallplatten- und CD-Aufnahmen ein.1985 wird er zum Titularorganisten von Notre-Dame in Paris ernannt, wo er zusammen mit Oliver Latry und Jean-Pierre Leguay somit Nachfolger seines Lehrers Pierre Cochereau ist.

Parallel zu seiner Konzerttätigkeit wirkt Philippe Lefebvre auch als „Manager“. Mehr als 20 Jahre lang ist er Direktor des Conservatoire National in Lille, der ältesten Musikhochschule Frankreichs gewesen, die unter seiner Führung mit ihren 1.700 Studenten großes Ansehen erringt. Anschließend wird er zum Direktor der Domchorschule Maîtrise de la Cathédrale Notre-Dame de Paris ernannt. Seit letztem Jahr ist Philippe Lefebvre neben seinem Amt als Titularorganist der Pariser Kathedrale Notre-Dame dort zugleich auch Personal- und Verwaltungsleiter.

Lefebvre ist seit einigen Jahren Professor für Improvisation am Conservatoire National Supérieur de Musique in Paris. Als Interpret und Improvisator gilt er als einer der bedeutendsten Vertreter der französischen Orgelschule.